Suite à la disparition de la deuxième filiale, située aux Etats-Unis, l'Eva-03 est transférée à la Nerv. Le pilote du test, choisi en tant que Fourth Children s'avère être Tôji Suzuhara, un des camarades de Shinji.
Il a accepté afin que sa petite sœur, toujours hospitalisée, puisse bénéficier de meilleurs soins. Malgré tout, terrorisé à l'idée de piloter une Eva, Tôji se confie à Shinji. Mais ce dernier, absorbée dans ces pensées mêlées, se content de le rassurer face à son nouveau statut. Enfin vient le test d'activation.
Lors de l'expérience un événement anormal se produit et les trois pilotes d'Eva sont envoyés sur place. Quelle n'est pas leur surprise lorsqu'ils découvrent que la cible , un Ange, a en fait pris possession de l'Eva 03 !
Shinji se retrouve incapable d'affronter l'eva dans laquelle se trouve Tôji et, malgré ses supplications désespérées, c'est lui qui se retrouve dans une situation critique. Voyant Shinji en incapacité de combattre, Gendo déclenche le Dummy System, et l'Eva-01 passe soudainement à l'offensive. Shinji essaie de toutes ses forces d'arrêter l'attaque mais le carnage se poursuit impitoyablement.
Finalement, l'Entry-Plug de Tôji se fait broyer sous les yeux de Shinji par l'Eva-01. Le silence plane autour de Tôji et de l'Eva 03, complètement inertes...
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