Appelé par un père qu’il n’a presque jamais vus, Shinji découvre la NERV, un organisme pécial des Nations Unies dont le quartier général se trouve à Tokyo-3. Très vite, et en réaction à la demande autoritaire de son père, il s’engage comme pilote d’Evangelion, l’ultime arme de combat humanoïde.
De violents combats contre les « anges », dont personne ne connaît ni le but ni l’origine, ont provoqué une peur et une tension bien difficile à supporter pour un adolescent comme Shinji. Dans le même temps, cet engagement a conduit Shinji, habituellement replié sur lui même, à mieux appréhender ses relations avec les autres.
Malheureusement il se réfugie à nouveau dans son cocon suite à la découverte des rapports d’observation le concernant tenus par Misato. Accusé d’avoir désobéi aux ordres de sa supérieur pour des raisons personnelles, Shinji quitte la NERV. Pourtant, peu après, il décide de revenir piloter l’Eva, touché par la sincérité de Misato.
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