A la fin du 22ème siècle la flotte de défense de Mars est totalement anéantie. Alors que la guerre se poursuit, la Nergal Heavy Industrie met à profit les technologies ennemies pour créer un vaisseau spatial ultra-puissant : le Nadesico. Aux commandes une jeune fille assez étrange, et sous ses ordres son amour d'enfance...